学校致力于建设以“药学+X”为牵引、“新药科”和“大药学”为特征,医药、农药、兽药融合发展,面向世界一流的“现代药学学科体系2.0”。在全国第四轮学科评估中,药学学科获评A+。在第五轮学科评估和全国专业学位水平评估中,龙头学科药学和中药学继续保持优势,均取得优异成绩。截至2024年3月,药理学与毒理学、化学、临床医学、生物与生物化学、材料科学、农业科学、神经科学与行为、分子生物学与遗传学等8个学科领域的ESI排名进入全球前1%,其中药理学与毒理学排名全球前1‰(万分之1.398),位列全球第18位、亚洲高校第1位。在2023 US News 世界大学排行榜中,药理学与毒理学学科位列全球第7位。在世界大学排名中心(CWUR)学科排行中,学校药物化学学科位列全球第3位。在2023软科中国最好学科排名中,学校药学、中药学学科分别排名国内第1位、第2位,均进入“中国顶尖学科”。
2011年,学校聘请诺贝尔生理学或医学奖获得者、美国著名药理学家路易·伊格纳罗(Louis J. Ignarro)为荣誉教授,并合作建立伊格纳罗工作站。2013年诺贝尔化学奖得主迈克尔·莱维特教授(Michael Levitt)与学校“江苏省合成多肽药物发现与评价工程中心”合作设立Michael Levitt诺贝尔奖工作站。学校深化与美国密西根大学、法国艾克斯-马赛大学等的科研合作,获批江苏省高校国际合作联合实验室。与首尔国立大学、莫斯科国立大学、日本近畿大学、奥克兰大学等的科研合作项目先后获得科技部重点国际(地区)合作研究与交流项目资助。与奥克兰大学、斯洛文尼亚卢布尔雅那大学的合作项目先后获得教育部国家留学基金委、教育国际交流协会的立项资助。